En el club blanquivioleta, Fernández protagonizó el penúltimo ascenso del club en la temporada 2006/2007 y el penúltimo ciclo del equipo vallisoletano en Primera División. Antes de su vuelta a Pucela, el centrocampista ha militado en el Getafe, Deportivo de La Coruña, Atlético de Kolkata y Eibar.
