Establecida en 2003, la Medalla Blaise Pascal se otorga a personas que "demuestren sobresalientes contribuciones a la ciencia y la tecnología, y que promuevan la excelencia en investigación y educación", según ha informado Alianza Editorial, que ha editado algunos de sus trabajos en España.
Francisco J. Ayala es profesor en el departamento de Ecology & Evolutionary Biology en la Universidad de California, Irvine. En 2001 recibió la Medalla Nacional de las Ciencias de Estados Unidos y en 2010 fue galardonado con el Templeton Prize que otorga anualmente la Fundación John Templeton a aquellas personalidades que contribuyen a la investigación y a descubrimientos de realidades espirituales.
Ha sido nombrado Doctor Honoris Causa por 24 universidades de diez países diferentes, entre ellas nueve españolas, como la Universidad Complutense de Madrid (UCM), la Universidad de Barcelona (UB) y la Universidad de Salamanca (USAL).