El Sistema Atapuerca fue creado por la Junta de Castilla y León en junio de 2009 como elemento integrador de las actuaciones del Museo de la Evolución Humana, y de la Sierra de Atapuerca, donde se ubican los yacimientos arqueológicos de fama internacional.
El presidente de la Junta ha sostenido que las instalaciones y espacios vinculados a los yacimientos de Atapuerca constituyen un elemento "estratégico" para el desarrollo de la Comunidad autónoma.
El objetivo del Sistema Atapuerca es poner en valor, explotar y enriquecer los recursos culturales y científicos asociados a los yacimientos arqueo-paleontológicos de la Sierra de Atapuerca.
Se pretende aplicar una "gestión integral" y adecuada a la particular relevancia de los yacimientos de la Sierra de Atapuerca y y del Museo de la Evolución Humana para potenciar el impulso y desarrollo económico de la provincia de Burgos y de la Comunidad.
El Consejo Rector es un órgano colegiado que se reunirá al menos dos veces al año y su misión será la de asesorar sobre los programas de funcionamiento del Sistema Atapuerca.
Del mismo forman parte 16 miembros, aunque está previsto que pueda llegar a tener un máximo de 20 y se pretende contar con la presencia de personalidades e instituciones de reconocido prestigio relacionadas con cualquier aspecto de la actividad del Sistema Atapuerca.
En fechas próximas se constituirá también el Comité Científico del Museo de la Evolución Humana, que tendrá funciones consultivas y de asesoramiento técnico-científico respecto de la actividad del Museo y estará formado por un máximo de 12 miembros.
Al presidente de la Junta le corresponde la presidencia de honor del Consejo Rector del Sistema Atapuerca, y la presidencia ejecutiva la ostenta la Consejera de Cultura y Turismo.
Como vocales natos forman parte del mismo el Viceconsejero de Cultura, el Secretario General de Cultura y Turismo, la Directora de Promoción e Instituciones Culturales, el Director de Patrimonio Cultural, el Director Gerente del Sistema Atapuerca, el Director General de la Fundación Siglo para las Artes de Castilla y León, el Alcalde del Ayuntamiento de Burgos, el Alcalde del Ayuntamiento de Atapuerca y el Alcalde del Ayuntamiento de Ibeas de Juarros.
Asimismo han quedado designados como vocales en su calidad de expertos de reconocido prestigio Henry de Lumley, Director del Institut de paléontologie humaine de París y Emiliano Aguirre Enríquez, Catedrático de Paleontología Humana de la Universidad Complutense de Madrid.
La consejera de Cultura, María José Salguerio, ha anunciado que se van a organizar "exposiciones temporales" en el Museo de la Evolución Humana para conseguir que se mantenga el nivel de visitas, que desde su inauguración el 13 de julio hasta ayer han sido cerca de 70.000.
Una de estas exposiciones temporales será sobre la alimentación y su relación con la evolución de los humanos, con la que se pretende mostrar cómo la dieta a influido en la evolución humana.
Asimismo se va a realizar una promoción exterior del Museo en provincias y comunidades autónomas limítrofes, ya que se ha podido comprobar que hay una importante afluencia de visitantes del país Vasco, La Rioja o Madrid, según ha precisado la consejera, que ha señalado que se va a realizar una "campaña de proximidad".