El equipo dirigido por Gregorio Manzano ha tenido una trayectoria muy irregular en la Liga 2012-2013, en la que ha estado filtreando con la parte baja de la tabla durante prácticamente todo el año.
El conjunto balear empezó el presente curso entrenado por Joaquín Caparrós, pero fue relevado a principios de febrero por el técnico jienense por los malos resultados, aunque el equipo empezó bien, con cinco jornadas sin conocer la derrota hasta que entró en una pésima racha de once partidos sin ganar y sólo dos puntos sumados.
Sin embargo, durante su larga andadura en la Primera División, los bermellones han cosechado varios éxitos que forman parte de la historia del club. Por ejemplo, en el año 2003, el Mallorca de Samuel Eto'o se proclamó campeón de la Copa del Rey por primera vez en su historia imponiéndose por 3-0 al Recreativo de Huelva en el Martínez Valero de Elche.
Además, en 1998, en la temporada de su retorno a la Primera división tras cinco campañas en Segunda, el conjunto dirigido entonces por Héctor Cúper fue capaz de llegar a la final de la Copa, que perdió a manos del FC Barcelona en la tanda de penaltis, vengándose posteriormente en la Supercopa de España.
Pero quizá el mejor recuerdo del equipo balear en estas 16 temporadas es el 19 de mayo de 1999, día en que jugó la final de un campeonato europeo por primera vez en su historia. Los de Héctor Cúper disputaron la final de la Recopa de Europa ante la Lazio italiana, aunque no pudieron alzarse con el título después de un emocionante partido, en la que los italianos se impusieron por 2-1 con un tanto de Pavel Nedved a cinco minutos del final.
Igualmente, esa misma campaña consiguieron acabar en la tercera plaza en la clasificación, lo que les dio derecho a disputar la fase previa de la Liga de Campeones, que no consiguieron superar. El Mallorca repitió esa posición en la campaña 2000-2001, y en esa ocasión sí tuvo más suerte al meterse en la fase de grupos, donde quedó encuadrado con Arsenal, Schalke 04 y Panathinaikos, pero ahí acabó su aventura.