El nuevo organigrama queda integrado por cuatro grandes áreas, coincidentes con otras tantas secretarias generales: Economía; Innovación, Industria y Energía; Universidades, Investigación y Tecnología, y Empleo.
Pese al incremento de funciones, se suprimen cinco altos cargos. Uno de ellos por la fusión de las antiguas secretarías generales de Desarrollo Industrial y Energético y de Innovación y Sociedad de la Información, además desaparece la Dirección General de Trabajo, y los cuatro restantes al asumir los servicios centrales de la Consejería la dirección de los siguientes organismos: Fundación Andalucía Emprende, Agencia Andaluza del Conocimiento, Instituto Andaluz de Prevención de Riesgos Laborales y Consejo Andaluz de Relaciones Laborales.
La nueva estructura orgánica se completa con tres cambios de denominaciones que afectan a las direcciones generales de Economía social --antes de Emprendedores y Economía Social--; Autónomos --antes Formación Profesional, Autónomos y Programas para el Empleo--, y Telecomunicaciones y Sociedad de la Información --antes Servicios Tecnológicos y Sociedad de la Información--.
De esta manera, el organigrama de la Consejería queda con una Viceconsejería y una Secretaría General Técnica. Tras esto se establece una Secretaría General de Economía, donde están integradas la Dirección General de Fondos Europeos y Planificación, la Dirección General de Economía Social y la Dirección General de Autónomos.
Otra es la Secretaria General de Innovación, Industria y Energía, que integra a la Dirección General de Telecomunicaciones y Sociedad de la Información y la Dirección General de Industria, Energía y Minas. Por su parte, la Secretaría General de Universidades, Investigación y Tecnología cuenta con una Dirección General de Universidades y la Dirección General de Investigación, Tecnología y Empresa. Así, la Secretaría General de Empleo incluye la Dirección General de Relaciones Laborales y la Dirección General de Seguridad y Salud Laboral.
Por su parte, el Servicio Andaluz de Empleo cuenta con una Dirección-Gerencia, ejercida por la persona titular de la Secretaría General de Empleo; y la Dirección General de Calidad de los Servicios y Programas para el Empleo.
Asimismo, la Consejería cuenta con una serie de organismos adscritos como son la Agencia de Defensa de la Competencia de Andalucía; Instituto de Estadística y Cartografía de Andalucía; Agencia de Innovación y Desarrollo de Andalucía; Agencia Andaluza de Promoción Exterior (Extenda); Andalucía Emprende, Fundación Pública Andaluza: Agencia Andaluza de la Energía; Agencia Andaluza del Conocimiento e Instituto Andaluz de Prevención de Riesgos Laborales.
De igual manera, también son organismos adscritos el Consejo Económico y Social de Andalucía; Consejo Andaluz de Relaciones Laborales y su Sistema Extrajudicial de Resolución de Conflictos Laborales de Andalucía (Sercla); Sociedad Andaluza para el Desarrollo de Telecomunicaciones (Sandetel); Red Corporativa de Telecomunicaciones de la Administración de la Junta de Andalucía; Red de Energía de la Administración autonómica (Redeja); Observatorio de la Calidad Industrial de Andalucía; Comité Andaluz para la Sociedad del Conocimiento; Consejo Andaluz de Universidades; Comisión Interdepartamental de I+D+i, y Comisión Interdepartamental para la Cultura Emprendedora.