El 5 de mayo de 2009 tuvo lugar la votación parlamentaria en la que Patxi López logró con los votos del PSE-EE, el PP y UPyD convertirse en el primer lehendakari no nacionalista y desbancó así a su rival, Juan José Ibarretxe, cuyo partido, el PNV, fue el ganador de las elecciones autonómicas.
La formación nacionalista ha sido desde entonces muy crítica con la gestión del ejecutivo vasco y, junto a otros partidos de la oposición, ha acusado al lehendakari de falta de liderazgo y sumisión al PP.
Sin embargo, eso no le impidió al PNV firmar en octubre de 2010 un acuerdo de estabilidad con el Gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero para apoyar los Presupuestos del Estado a cambio de un importante paquete de transferencias.
Este entendimiento con Madrid ha quedado ahora en entredicho por el fallo del Tribunal Supremo que anula las candidaturas de Bildu, la coalición electoral integrada por Eusko Alkartasuna, Alternatiba e independientes de la izquierda abertzale.
El PNV ha anunciado que, debido a la "extrema gravedad" de este auto judicial, podría suspender "toda colaboración y apoyo" a futuras iniciativas del Gobierno central como la negociación de los Presupuestos del Estado para 2012, al considerar que el Ejecutivo de Zapatero es el que ha promovido "las tesis en que se ha fundamentado la resolución" del Supremo, aunque todo dependerá de la resolución que adopte mañana el Tribunal Constitucional.
La participación de Bildu en las elecciones municipales y forales del próximo día 22 y la anterior ilegalización de Sortu, el partido creado por la izquierda abertzale, han removido también el clima de entendimiento que ha presidido, pese a las diferencias, la alianza entre socialistas y populares vascos.
La desautorización de Patxi López al presidente de los socialistas vascos, Jesús Eguiguren, cuando sugirió que el PSE debería "romper" con el PP si no le permitía hacer una política "para hacer la paz", o la retirada de una iniciativa socialista que ensalzaba la apuesta de Sortu por las vías políticas tras un fuerte enfrentamiento con los populares, son algunos ejemplos de estas fricciones.
Pese a ellas, el llamado "Gobierno del cambio" ha logrado algunos de sus principales objetivos, como poner en práctica la política de "tolerancia cero" con el terrorismo, y se ha mantenido a salvo de la batalla entre el PSOE y el PP en el resto de España.
Patxi López ha afirmado que su Gobierno ha conseguido que "Euskadi ya no sea un foco de crispación y de enfrentamiento" y ha pedido "altura de miras" a partidos e instituciones para "alcanzar la ansiada libertad" ahora que "ETA está derrotada".
Otro de los objetivos de López era atender los problemas reales de los ciudadanos pero la crisis económica ha trastocado sus planes por la disminución de recursos de las administraciones.
No obstante, Euskadi cerró 2010 con un crecimiento económico del 0,3 por ciento frente a la caída del 0,1 en España y el turismo no ha parado de crecer en el País Vasco hasta lograr cifras históricas, datos que López ha calificado de "alentadores", aunque cree que "aún queda mucho por hacer".
Consolidar el traspaso de las políticas activas de empleo, impulsar el Tren de Alta Velocidad con el fin de que en 2016 enlace las tres capitales vascas, desarrollar la Ley de Cajas o implantar el Plan de Deslegitimación de la Violencia para que las víctimas del terrorismo expliquen sus experiencias en las aulas son algunos de los retos futuros de Patxi López en el ecuador de la legislatura.