El veterano político, que se dio de baja en el PP al inicio del proceso judicial, ha sido investigado por el Juzgado de Instrucción número 1 de Orense, que determinó la existencia de indicios de un supuesto delito de prevaricación, en relación a varios decretos firmados por el expresidente de la Diputación provincial, semanas antes de que se celebrase el congreso en el que su hijo José Manuel Baltar resultó elegido presidente provincial del PP.
La instrucción está cerrada, pero quedaban por resolver sendos recursos de la defensa y de la acusación popular ejercida por el PSOE. El primero pidiendo el sobreseimiento de la causa por supuesta "indefensión jurídica" y el segundo para la ampliación de las posibles acusaciones a malversación de caudales públicos y falsedad documental, en relación con los contratos supuestamente fraudulentos.
Ambos fueron rechazados y sin posibilidad de recurso y un día antes de lo previsto.