Los fiscales reconocieron que los cargos de proveer armas y explosivos, así como la incitación de actos terroristas, no pueden ser probadas de forma convincente.
Bashir, de 72 años, y que ha sido condenado en el pasado por su vinculación con el terrorismo islámico, ha criticado este juicio y a las autoridades porque le hacen parecer "a los ojos del público como el Osama (bin Laden) de Indonesia".
"Todo está preparado para presentarme como un terrorista", afirmó el imputado antes de que comenzase la vista.
Durante la sesión, el fiscal Andi Muhammad Taufik, del Tribunal de justicia del distrito sur de Yakarta, afirmó que "el acusado, como líder religioso que es, debería ser un buen ejemplo para sus seguidores y, en cambio, les incitó a cometer actos en contra de la ley".
Taufik recordó que no es la primera vez que Bashir es condenado y, sin embargo, "no ha mostrado ningún remordimiento".
El único factor que la Fiscalía consideró atenuante es la avanzada edad del imputado.
Los seguidores de Bashir reaccionaron con indignación a la petición de pena de cadena perpetua que solicitaron los fiscales y abandonaron el tribunal al grito de "Allahu Akbar" (Alá es el más grande).
En previsión de altercados, la Policía desplegó unos 2.500 agentes en los alrededores de los juzgados.
El caso, que en un principio iba a ser resuelto esta semana, se ha aplazado hasta el 25 de mayo para que la defensa pronuncie su alegato.
Bashir fue detenido en agosto del año pasado en la isla de Java en relación a una célula terrorista que supuestamente contaba con su apoyo y que había sido desarticulada seis meses antes en la provincia de Aceh, en el norte de la isla de Sumatra.
Es la tercera vez que este ulema es procesado por incitar a la violencia contra los no musulmanes en Indonesia.
Bashir ya pasó dos años y dos meses en prisión por instigar los atentados de 2002 en la isla de Bali en los que fallecieron 202 personas, la mayoría turistas extranjeros.
La Yemaa Islamiya, fundada a finales del siglo pasado, tiene como objetivo crear un califato islámico en Indonesia, Malasia, Singapur y el sur de Filipinas y Tailandia.