El clérigo, de 50 años, trabajaba como confesor y guía espiritual en el centro educativo católico del estado de Guanajato desde 2016. Ya ha salido la condena. Se le imputan los delitos de violación, abuso y explotación sexual y corrupción de menores.
Villegas fue detenido el 13 de febrero de 2017 debido a las denuncias interpuestas en su contra por las madres de las niñas. Además, según informan desde el diario mexicano 'El Universal', en ese momento existían en total cinco denuncias en su contra ante la Fiscalía estatal en las que se le acusaba de violación, corrupción de menores y abusos, todo esto con víctimas de entre 10 y 16 años de edad.
Jorge Raúl Villegas llegó a ser portavoz de la Arquidiócesis de la ciudad de León, sólo ha sido condenado por el abuso de las dos niñas alumnas de colegio Atenas. El abogado defensor de las víctimas había pedido en un principio una pena de 120 años de cárcel para el religioso y, aunque finalmente la pena impuesta ha sido de 90 años, las leyes del estado establecen que ésta no podrá superar los 60 años.