En su sentencia, la sección primera de la Sala de lo Penal considera probado que Múgica, como jefa de los comandos de ETA, fue la que entregó en Perpignan (Francia) a los autores del atentado -Eider Pérez y Aitor Olaizola, ya condenados por estos hechos-, el coche-bomba cargado de explosivos y con las matrículas dobladas, que había sido sustraído en Tarbes.
El tribunal sostiene que Múgica, a la que también condena al pago de una indemnización de 300.000 euros para los herederos de Santamaría, intervino tanto en la preparación como en la ejecución del atentado y "determinó la acción, su objeto" y "los medios", por lo que su conducta "trasciende la del mero cooperador necesario".
Como principal prueba, la sentencia destaca las declaraciones incriminatorias de Olaizola a la policía, en las que aseguró que Múgica fue quien les pidió a él y a Eider Pérez que recabaran información sobre varios hoteles de la Costa Brava para seleccionar objetivos y posteriormente en Francia les dio dinero y un Ford Fiesta preparado ya como coche-bomba para cometer el atentado.
Tras la entrega, según su testimonio, los dos entraron en España por el paso fronterizo de Port Bou, él en moto a modo de lanzadera y Eider conduciendo el coche-bomba, que ella dejó aparcado cerca del hotel Montecarlo y, tras activarlo, fue a buscarle a la playa, donde él la esperaba para huir juntos a San Sebastián.
El tribunal la ha condenado por tanto como autora de un delito de homicidio terrorista (penado con 30 años), otro delito de estragos terroristas (15 años) y otros dos de lesiones terroristas (a 10 y 12 años y medio cada uno por las dos personas que resultaron heridas leves, un policía local de Rosas y una ciudadana francesa).
En el juicio, Múgica Goñi, entregada de forma temporal por Francia el 18 de enero de 2008 y para la que el fiscal pedía 75 años de cárcel, se negó a declarar, pero en su turno de última palabra manifestó que "el problema (del terrorismo) no se soluciona ni con las torturas, ni con las prisiones largas".
Ainhoa Múgica, ex integrante del "comando Madrid" y compañera sentimental del dirigente etarra Juan Antonio Olarra Guridi, cuenta ya con una condena de 1.253 años de cárcel por el atentado contra una furgoneta de la Armada en 1995 en el barrio madrileño de Vallecas en el que fallecieron seis personas.