Badie ha sido remitido al tribunal junto con varios líderes de los Hermanos Musulmanes, tales como Mohamed el Beltagi, Bassem Ouda o Essam el Erian, aunque este último aún no ha sido detenido. También han sido remitidos al tribunal el clérigo islámico Safwat Hegazi, uno de los líderes de la organización salafista Gamaa al Islamiya, Assem Abd el Magued, y otras nueve personas.
La Fiscalía acusa a Badie, El Beltagi, El Erian, El Magued y Hegazy de "incitar a la violencia y al terrorismo, de asesinato, de formar un grupo para atacar ciudadanos y de facilitar a éste armas y fondos".
Los demás sospechosos han sido acusados de "aterrorizar, de hacinamiento, de asesinato, de unirse a un grupo que ataca ciudadanos, de dañar la propiedad privada y de posesión de armas".
El pasado 15 de julio, fallecieron cinco personas en Giza durante enfrentamientos entre seguidores del derrocado presidente egipcio Mohamed Mursi y asaltantes desconocidos.
En la actualidad, Badie, junto con otros seis líderes de los Hermanos Musulmanes, está siendo procesado por "incitación al asesinato" durante los enfrentamientos que se produjeron en la sede central de la organización islamista en El Cairo el pasado 30 de junio.