A bordo viajaban 25 personas -18 pasajeros, entre ellos un niño y dos bebés, y cuatro tripulantes- aunque inicialmente las autoridades habían dicho que había 27.
Las autoridades dijeron que no hay esperanza de encontrar supervivientes, cuando quedan por encontrar los cuerpos de cuatro víctimas.
El avión, un Xian MA-60 fabricado en China y con capacidad para 50 pasajeros de la compañía estatal Merpati, se precipitó al mar a medio kilómetro del aeropuerto papuano de Kaimana, cuando realizaba la maniobra de acercamiento para aterrizar en medio de la lluvia.
El director de Merpati Airlines, Sardjono Jhony, dijo que los equipos de rescate también pudieron recuperar la caja negra del avión siniestrado.
La mala visibilidad provocada por las condiciones meteorológicas se apuntó como causa del accidente.
"El avión se estrelló cuando intentaba un aterrizaje de emergencia por culpa del mal tiempo", dijo el portavoz del departamento de aviación civil, Bambang Ervan, a la agencia estatal Antara.
El avión procedía del aeropuerto de la localidad de Sorong, situada en la parte occidental de la isla de Papúa.
En 2010, 78 personas resultaron heridas cuando un avión de la misma compañía se salió de la pista de aterrizaje en el aeropuerto de Manokwari, también en la provincia de Papúa.