La sección primera de la Sala de lo Penal, presidida por Manuela Fernández Prado, explica que, aunque los etarras "pensaron en preparar un agujero en una zona de monte para mantener al secuestrado", finalmente "existió un desistimiento de la actividad delictiva planificada, que sólo se había iniciado con vigilancias", por lo que los hechos no pueden ser considerados constitutivos de un delito de tentativa de detención ilegal y asesinato.
La sentencia declara así probado que los miembros del comando, desarticulado en julio de 2008, "desde octubre de 2007 a abril de 2008 estuvieron en muchas ocasiones haciendo vigilancias" a Benjamín Atuxa y le siguieron "hasta el Centro de Estudios donde trabajaba, pero, al constatar que en esa época iba siempre con escoltas, abandonaron el plan".
Además de a Goikoetxea, el tribunal condena a los otros dos presuntos integrantes del comando, Aitor Cotano e Iñigo Gutiérrez, a 16 y 14 años cárcel, respectivamente, y a 7 y 5 años de prisión a dos colaboradores, Malen Zuazo y Ana Isabel Prieto, respecto a la que el magistrado Javier Martínez Lázaro ha emitido un voto discrepante, al entender que debía haber sido absuelta.
Los que sí han sido absueltos del delito de colaboración son los acusados Adur Aistegui y Gaizka Jareño.
De este modo los tres integrantes del "comando Vizcaya", autodenominado "Askatasuna Haizea" (viento de libertad), han sido condenados por los delitos de pertenencia a banda armada y tenencia de explosivos, y a Goikoetxea se le añade además el de tenencia ilícita de armas y falsificación de documentos.
Este comando también estaba en un principio acusado de conspiración para cometer un atentado terrorista contra el juez de la Audiencia Nacional Fernando Grande-Marlaska, pero el fiscal y las acusaciones, que pedían 49 años de cárcel para Goikoetxea, decidieron retirar en el último momento la acusación por estos hechos, al entender que los terroristas no llegaron a comprobar las informaciones que manejaban sobre el magistrado.
El comando Vizcaya disponía de un zulo en la localidad riojana de Pazuengos, donde fueron hallados hasta 125 kilos de explosivos, abundante munición, cordón detonante, detonadores, temporizadores, además de jeringuillas y ampollas de tranquilizantes, que, según confesó Goikoetxea, iban destinadas al secuestro del concejal del PSE.
El 24 de julio de 2008, Goikoetxea, según consta en el vídeo que se reprodujo en la vista oral, condujo hasta ese zulo a los agentes de la Guardia Civil, el juez Garzón y la fiscal Dolores Delgado y les explicó el uso que pretendían dar a los tranquilizantes.
En ese momento también confesó otras acciones del comando que se siguen en otros procedimientos como las perpetradas contra las casas cuartel de la Guardia Civil de Durango (Vizcaya), el 24 de agosto de 2007; Calahorra (La Rioja), el 21 de marzo de 2008, y Legutiano (Álava), este último cometido el 14 de mayo de ese año y que costó la vida al agente Juan Manuel Piñuel, así como el perpetrado contra el club marítimo "El Abra" de Getxo (Vizcaya).