Horas después de su muerte, el padre Miguel Pajares era trasladado al crematorio donde ha sido incinerado en un ataud sellado. Al cuerpo del religioso no se le ha practicado la autopsia por riesgo de contagio y la planta del hospital donde ha estado ingresado así como todo el material y los objetos que han sido susceptibles de ser contaminados están siendo desinfectados. Además, la ropa del enfermo y cualquier tejido con fluidos corporales serán incinerados y el equipo que ha atendido al paciente estarán 21 días en observación.