El Ejecutivo comunitario ha explicado que estos centros proporcionan un apoyo científico "esencial" así como asesoramiento sobre técnicas perfeccionadas a los laboratorios nacionales de los Estados miembro, por ejemplo, en cuanto al desarrollo de métodos analíticos o formación del personal.
Las áreas de conocimiento de estos laboratorios van desde el estudio de pesticidas y organismos genéticamente modificados (OGM) a cuestiones de salud animal y chequeo de alimentos. La asistencia que suministran a los países de la UE asegura la alta calidad y uniformidad de los controles de la UE para aplicar la normativa comunitaria.
En España hay cinco de los laboratorios comunitarios de referencia que se dedican al estudio de la peste equina africana, la peste porcina africana, la tuberculosis bovina, el seguimiento de las biotoxinas marinas y los residuos de pesticidas.