El índice Nikkei bajó 40,20 puntos, o el 0,39%, hasta los 10.039,56 puntos mientras el Topix, que agrupa a todos los valores de la primera sección, cayó 3 puntos, el 0,34%, hasta los 866,81 enteros.
Las pérdidas estuvieron encabezadas por las casas de valores, inmobiliarias y finanzas al consumidor.
Entre los ganadores destacaron los hidrocarburos, siderúrgicas y transporte marítimo.
Los valores exportadores registraron avances al comienzo de la sesión debido a que el dólar se estabilizó en la banda de los 83 yenes, pero paulatinamente los inversores acabaron vendiendo ante la cercanía del fin de semana.
Algunos analistas se referían también a la influencia en el Nikkei de las tensiones en la península coreana, que provocaron una caída del Kospi en la sesión de hoy.
"El mercado muestra cautela", opinó Masayuki Otani, experto de Securities Japan, que no obstante precisó a la agencia local Kyodo que la ligera depreciación del yen apunta a la previsión de que el mercado bursátil "no verá próximamente fuertes caídas".
Durante esta semana el mercado bursátil tokiota ha logrado mantener la barrera de los 10.000 puntos.
En la jornada de hoy retrocedieron 883 valores, avanzaron 602 y 173 se mantuvieron.
Entre los grandes exportadores, Sony cedió un 0,2% hasta los 2.889 yenes, Canon cayó un 0,3% hasta los 4.000 yenes y Nissan perdió un 1,5% hasta los 785 yenes.
Los activos financieros también cotizaron a la baja. El banco Mizuho, líder en volumen del día, cayó un 0,7% hasta los 134 yenes mientras la casa de valores Nomura, líder en valor, perdió un 2% hasta los 484 yenes.
El volumen de negociación cayó a 1.675,01 millones de acciones, frente a los 1.921,79 millones de la víspera.