El índice Nikkei perdió 64.82 puntos hasta 9.794,38 enteros, mientras el Topix, que agrupa a todos los valores de la primera sección, cedió 3,29 unidades, el 0,38 por ciento, hasta 853,21.
Las pérdidas las encabezaron los sectores del gas y la electricidad, seguido del de metales no ferrosos, mientras las ganancias estuvieron lideradas por minería, hidrocarburos y el forestal.
El selectivo tokiota abrió al alza gracias al cierre del viernes en Wall Street, pero posteriormente acabó cediendo entre el temor a que se suspendan las operaciones en la planta nuclear de Hamaoka por la petición formal del primer ministro japonés, Naoto Kan.
"Los inversores están preocupados por el impacto de posibles apagones y su atención está en compañías basadas en la región de Chubu", donde se encuentra Hamaoka, dijo a la agencia local Kyodo Hiroichi Nishi, analista de SMBC Nikko Securities.
La eléctrica Chubu Electric, operadora de la planta de Hamaoka, perdió hoy más del 10 por ciento hasta 1.584 yenes, después de marcar durante la sesión un mínimo en diez años, 1.521 yenes.
Otras firmas presentes en la región de Chubu, donde está la planta de Hamaoka, retrocedieron durante la jornada.
Toyota Motor, líder mundial, cayó un 0,5 por ciento hasta 3.195 yenes, y Denso perdió un 2 por ciento hasta 2.612 yenes.
Durante la sesión, la constante apreciación de la divisa japonesa pesó también negativamente sobre el parqué tokiota.
El dólar se cotizaba hoy en la banda media de los 80 yenes mientras el euro se intercambiaba en 116 yenes.
Entre los exportadores, Nissan Motor cedía un 1,3 por ciento hasta 767 yenes, y Canon perdía un 0,7 por ciento, hasta 3.780 yenes.
En la primera sección, 968 valores retrocedieron, 524 avanzaron y 171 permanecieron sin cambios.
El volumen de negocio ascendió a 1.698,76 millones de acciones con respecto a los 1.911,68 millones del viernes.