Agricultor e ingeniero agrónomo por la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónomos de la Universidad de Córdoba, la trayectoria profesional de Rafael Sánchez de Puerta ha estado ligada en buena medida al sector de las cooperativas agrarias, siendo director gerente de Faeca, desde su constitución en 1995.
En relación con el sector del olivar, desarrolla su carrera ocupando los cargos de presidente del Comité Consultivo de Aceite de Oliva y Aceituna de la Unión Europea; presidente del Consejo Sectorial de Aceite de Oliva de Cooperativas Agro-alimentarias de España; secretario del Consejo de Administración de la Organización Interprofesional del Aceite de Oliva Español; vicepresidente 1º de la Fundación Patrimonio Comunal Olivarero, vicepresidente de Citoliva; miembro del Comité Consultivo del Consejo Oleícola Internacional (COI) y presidente de la Compañía Española de Comercialización de Aceite (Cecasa).