Los Libros de Difuntos recogen los fieles fallecidos de cada parroquia. Ahora el juez de la Audiencia Nacional, Baltasar Garzón, pretende acceder a ellos para elaborar un censo de desaparecidos y determinar si le compete abrir diligencias a partir de las denuncias de familiares y asociaciones. Sin embargo, fuentes eclesiásticas se han apresurado a decir que no es la Conferencia Episcopal la autoridad competente para facilitar estos documentos.
Además estas fuentes religiosas han explicado que los Libros de Difuntos de las parroquias no son del todo fiables, ya que sólo recogen los entierros religiosos, y no los civiles habituales durante la Guerra y la posguerra. Además, muchos se perdieron en incendios. La Conferencia Episcopal se ha apresurado a decir que no ha recibido notificación alguna de la Audiencia Nacional y ha adelantado que no es competente para permitirle a la policía acceder a los Libros de Difuntos. Son los obispos de cada provincia los responsables de dicha documentación.
A favor de esta actuación judicial se ha mostrado José Blanco, vicesecretario socialista, que ha dicho que no sabe "porqué hay algo de revuelta, de inquietud, ante una iniciativa que, más allá del respeto a la decisión judicial, entre otras cosas trata de facilitar que las personas conozcan donde están sus muertos". Algo similar ha dicho el presidente del Gobierno. José Luis Rodríguez Zapatero ha recordado que la iniciativa del magistrado responde a una demanda de ciudadanos que acuden a la justicia.
El presidente del PP, Mariano Rajoy, ha dicho que no es partidario de "reabrir las heridas del pasado", sino de mirar al futuro. El líder de la oposición ha recordado que cuando se aprobó la Ley de Memoria Histórica ya dijo que "lo mejor de la Constitución de 1978 fue que los españoles nos pusimos de acuerdo en mirar al futuro y construir un futuro mejor".
Desde instituciones civiles, como la Federación Estatal de Foros por la Memoria explican que la elaboración de un censo es siempre "algo positivo" pero reclaman a la Justicia una "investigación de principio a fin" como las llevadas a cabo por el propio Garzón contra las dictaduras de Chile o Argentina. Critican a los juzgados que hasya ahora han archivado sus denuncias porque consideran que estos son crímenes de lesa humanidad que no prescriben.
El juez ha dado un plazo de quince días a las asociaciones de familiares de desaparecidos que han presentado las denuncias en su Juzgado para que le faciliten una relación de los desaparecidos y ubicación posible de las mismas. Pretende así determinar, "con la mayor rapidez posible", si es competente para investigar estos hechos.