El Supremo investiga a Garzón a raíz de las querellas presentadas contra él por el sindicato ultraderechista Manos Limpias y la asociación Libertad e Identidad, a las que posteriormente se acumuló otra interpuesta por Falange Española de las JONS por las resoluciones judiciales que adoptó al abrir una causa sobre las desapariciones en la Guerra Civil y el franquismo.
El juez decidió en noviembre de 2008 inhibirse de esta causa a favor de los juzgados territoriales en los que se encuentren las fosas que mandó abrir al declararse competente para instruir este procedimiento. El magistrado de la Audiencia Nacional declaró por estos hechos en calidad de imputado el pasado 9 de septiembre en el Tribunal Supremo, donde sostuvo que al abrir una causa sobre las desapariciones en la Guerra Civil y el franquismo no se apartó de la "finalidad legal" de investigar los hechos, depurar las posibles responsabilidades y, especialmente, dar protección a las víctimas.
El pasado 22 de diciembre el abogado de Garzón, Gonzalo Martínez-Fresneda, presentó un escrito en el TS en el que se quejó del retraso "injustificado" en la instrucción, que considera "propia de un proceso inquisitorial".
Garzón tiene pendiente en el Tribunal Supremo otras dos querellas, una de dos abogados por los ingresos que recibió durante su permiso académico en Nueva York, entre 2005 y 2006, y otra del defensor de un empresario imputado en el "caso Gürtel" por ordenar la grabación de las comunicaciones en prisión de los cabecillas de la trama. CGS