Marqués entró en el Ejecutivo regional en el año 1999, en el que fue nombrado consejero de Sanidad y ostentó diversas competencias, incluyendo un breve paso por la Delegación del Gobierno en Murcia, hasta que presentó su renuncia en 2006 para hacerse cargo de la dirección general de la Hermandad Farmacéutica del Mediterráneo (Hefame).
En junio de 2004, y tras estar apenas unos meses como delegado del Gobierno en Murcia, Marqués fue nombrado por Ramón Luis Valcárcel consejero de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio, siendo cambiado de cartera en 2005, tras la renuncia a la Consejería de Economía e Industria de Patricio Valverde.
El consejero de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio, Francisco Marqués, fue uno de los más beneficiados, ya que recibió el área de Industria y Nuevas Tecnologías.
Finalmente, en abril de 2006, Marqués presentó su renuncia como consejero de Industria y Medio Ambiente, tras varios meses de desgaste por las críticas ecologistas a su gestión, especialmente por la recalificación de la finca La Zerrichera en Águilas. RSO