Jonathan ha hecho el anuncio tras reunirse con los líderes políticos y religiosos del norte del país, quienes le han trasladado que la opción militar no conseguirá aplastar a la insurgencia islamista.
La comisión especial se encargará de "considerar la viabilidad de la posibilidad de amnistiar a los miembros de Boko Haram" y de "recomendar modalidades para su implementación, teniendo en cuenta las circunstancias actuales".
Además, deberá recopilar las demandas de los diferentes sectores sociales que quieren que el Gobierno regule la posible amnistía para los miembros de la secta islamista.
Un alto cargo de seguridad ha revelado al diario nigeriano 'Vanguard' que la comisión especial incluirá, entre otras personas, a altos cargos militares y que tendrá un plazo de dos semanas para presentar sus conclusiones.
De esta forma parece que Jonathan ha corregido su posición inicial, ya que siempre ha rechazado una eventual amnistía para los miembros de Boko Haram.
El alto cargo de seguridad ha matizado que el presidente nigeriano nunca se ha negado tajantemente a conceder una amnistía a los miembros de Boko Haram, sino que ha puesto como requisito previo que los insurgentes se entreguen y negocien.
"Es una situación complicada, pero el Gobierno tiene la obligación de respetar la opinión pública, especialmente ante el creciente clamor --sobre todo desde determinados sectores-- a favor de una amnistía", ha indicado.
Cientos de personas han muerto en Nigeria a causa de los ataques de Boko Haram, que nació en 2002 con el propósito de crear un estado islámico en el norte del país, donde se concentra la población musulmana.
En 2009, el entonces presidente nigeriano, Musa Yar Adua, concedió una amnistía a miles de milicianos islamistas que causó estragos en la región petrolera del Delta del Níger.