El suceso ocurrió al mediodía de camino a la isla de Christmas, situada en pleno Océano Índico y a la que se dirigía el buque cargado con 49 ilegales de origen afgano, según fuentes militares.
La Armada australiana indicó que el resto de los inmigrantes sufrieron heridas de distinta consideración por la explosión, cuyo origen es todavía desconocido pero que tuvo lugar en la sala de máquinas.
El barco fue interceptado ayer por las autoridades cerca de la costa noroeste de Australia.
Los heridos han sido evacuados a centros médicos en las ciudades de Darwin y Perth, mientras el Gobierno anunció que investigará los hechos para determinar si hubo negligencia.
Un total de seis buques con 400 inmigrantes ilegales han aparecido en lo que va de año en aguas territoriales de Australia.
En 2001, el antiguo Gobierno conservador de John Howard endureció los controles de para frenar la oleada de personas que entraban de manera clandestina en el país para pedir asilo y creó la llamada "Operación Pacífico".
La iniciativa consistía en trasladar a los irregulares interceptados en aguas internacionales a centros de detención especiales que se abrieron en Nauru, Papúa-Nueva Guinea y la isla de Christmas, de soberanía australiana pese a hallarse a miles de kilómetros de distancia en el Océano Índico.
El triunfo de los laboristas en las elecciones de 2007 llevó al cierre de la "Operación Pacífico" un año después.
Australia no ha dejado de recibir extranjeros desde la llegada de la primera flota de europeos a finales del siglo XVII, y en la actualidad uno de cada cuatro de los 21 millones de australianos ha nacido fuera del país.