Los ministros de Relaciones Exteriores entraron en un receso a las 21.00 hora local (02.00 GMT del miércoles), aunque tenían previsto seguir con las negociaciones hasta alcanzar un acuerdo.
El secretario general de la Organización de Estados Americanos (OEA), José Miguel Insulza, también se encuentra en el lugar de la reunión, que se celebra en un edificio apartado de la sede principal de la Asamblea General.
La cita comenzó alrededor de las 15.00 hora local (21.00 GMT), después de que la canciller hondureña, Patricia Rodas, aprobara en la sesión matutina que presidía una propuesta promovida por Brasil de crear un grupo de trabajo especial sobre el asunto.
Ese grupo, formado, entre otros, por Honduras, Nicaragua, Estados Unidos, Venezuela, Argentina y Brasil, comenzó el trabajo de manera paralela a la sesión principal, pero extendió los debates incluso después de que el plenario concluyera la agenda prevista para la tarde de hoy.
"Aquí hay una cosa importante, todos están de acuerdo en que es necesario rescindir la resolución del 62, en lo que no hay acuerdo es en cómo hacerlo, con qué palabras sacarlo", indicó a periodistas el canciller brasileño, Celso Amorim, sobre la marcha de la reunión.
"En el núcleo hay un acuerdo, pero en la periferia no", agregó.
Amorim, quien tenía previsto abandonar la Asamblea General de la OEA por la tarde, ha prolongado su estancia en San Pedro Sula para seguir negociando con sus colegas.
La secretaria de Estado de EE.UU., Hillary Clinton, por su parte, salió de la ciudad hondureña después de una reunión con el presidente de Honduras, Manuel Zelaya, rumbo a Egipto, donde se unirá al mandatario estadounidense, Barack Obama.
Ante la ausencia de Clinton, el secretario de Estado adjunto de EE.UU., Thomas Shannon, ha ocupado su lugar en las negociaciones.
También se encuentra implicado en las conversaciones el consejero adjunto de Seguridad Nacional de la Casa Blanca, Dan Restrepo.
Las fuentes indicaron que en este momento hay ya un solo texto en discusión, presentado por Honduras y con aportaciones de Estados Unidos, pero las delegaciones continúan los debates sobre la forma que deberá tener en su versión definitiva.
EE.UU. quiere asegurar que Cuba cumpla con los principios y valores democráticos por los que se rige el organismo, en caso de que decidiera volver a la OEA, algo que ha sido reiterado y contundentemente rechazado desde La Habana.
Venezuela y Nicaragua rechazan que el texto recoja estas referencias, pero fuentes indicaron que Caracas ha flexibilizado su posición, al igual que EE.UU.
Las fuentes también señalaron que la intención de todas las delegaciones es cerrar las negociaciones hoy mismo, y que los cancilleres están cerca de alcanzar un consenso.
Los presidentes de Honduras, Manuel Zelaya; Nicaragua, Daniel Ortega, y Paraguay, Fernando Lugo, manifestaron hoy su confianza en la anulación de la resolución aprobada hace 47 años.
Insulza instó en su discurso inaugural a los cancilleres a abordar la cuestión con "la voluntad de alcanzar un consenso" y sin caer en divisiones.
Cuba fue suspendido por la OEA del Sistema Interamericano en 1962 por sus vínculos con el bloque chino-soviético.