El Gobierno socialista aprobó la creación de esta comisión en noviembre de 2011, poco antes de cesar, y puso a su frente al vicepresidente de Política Territorial, entonces, Manuel Chaves. Formaban también el grupo representantes de nueve ministerios (Política Territorial, Economía y Hacienda, Presidencia, Defensa, Industria, Turismo y Comercio; Cultura, Fomento, Medio Ambiente y Medio Rural y Marino, y Ciencia e Innovación).
Cuando se creó la comisión, el Ejecutivo argumentó que el periplo de los expedicionarios enviados por la Corona de España, a través de los océanos Atlántico, Pacífico e Índico y los cinco continentes, "supuso un importante avance científico, al demostrar la redondez de la Tierra, y un gran paso a la apertura a escala mundial de los conocimientos, las comunicaciones y el comercio".
Ahora, sin embargo, el Gobierno suprime esta entidad porque quiere conseguir "la máxima austeridad y eficiencia" en la Administración General del Estado y reducir el gasto público.
Este hecho histórico tiene especial relevancia en Andalucía, de donde partieron las naves que completaron la gesta, y localidades como Sevilla y Sanlúcar de Barrameda quieren impulsar un amplio programa de celebración para el cuatrienio 2019-2022. En la capital andaluza, existe una Iniciativa Ciudadana que promueve esta conmemoración.