Los legisladores habían objetado la inclusión de unas 8.000 iniciativas no vinculadas a los presupuestos de los organismos del Gobierno así como una disposición que suaviza el embargo a Cuba.
De momento se desconoce cuándo el presidente Obama lo firmará para convertirlo en ley.
"Este presupuesto toma en cuenta a agencias que no habían recibido fondos suficientes del pasado Gobierno de (el presidente George W) Bush", dijo Harry Reid, líder de la mayoría demócrata del Senado.
Pero muchos republicanos señalaron que el costo del plan de gastos (un 8 por ciento sobre el del año pasado) era demasiado alto y entrega fondos a programas ya financiados por el plan de estímulo de 787.000 millones aprobado el mes pasado.
"Este proyecto es demasiado caro para un Gobierno que debería estar vigilando cada centavo", manifestó el líder de la minoría republicana, Mitch McConnnell.
Añadió que con la aprobación se desperdició una oportunidad de frenar el gasto en el momento en que el país vive una profunda recesión.
La aprobación en el Senado se concretó después de que dos de los demócratas que más se oponían a suavizar el embargo a Cuba, Bob Menendez, de Nueva Jersey, y Bill Nelson, de Florida, accedieron a dar su apoyo.
Tras este cambio de postura, que dieron a los demócratas los 60 votos que necesitaban, los senadores accedieron a poner fin al debate, lo que precipitó la aprobación del proyecto por consenso sin una votación formal.
La medida ya había sido aprobada el pasado 25 de febrero por la Cámara de Representantes con 245 votos a favor y 178 en contra.
El proyecto de ley, que en realidad contiene los presupuestos de doce agencias gubernamentales, supone un aumento del 8 por ciento en el nivel de gastos presupuestarios sobre el año fiscal 2008, o alrededor de 30.000 millones de dólares adicionales.
Entre otros elementos, agrega 37 millones de dólares al presupuesto de la Comisión de Cambios y Valores, un organismo que ha sido duramente criticado por no haber detectado multimillonarios fraudes financieros.
Durante el debate los senadores rechazaron varias enmiendas que buscaban limitar los contratos del Gobierno con empresas que realizan actividades en el sector energético de Irán.
Esos proyectos también exigían aumentar la supervisión sobre la asistencia a la Autoridad Nacional Palestina para asegurar que los fondos no pasen a Hamás, una organización considerada terrorista por Estados Unidos.
Pero sí se mantuvo una medida que asigna 405 millones de dólares para la Iniciativa Mérida contra el narcotráfico y el crimen organizado.
Del total, 300 millones de dólares van a México, 150 millones de dólares menos de lo que solicitó la Casa Blanca, y el resto para Centroamérica, Haití y la República Dominicana.
También revierte las restricciones de viajes a Cuba impuestas en 2004, de manera que los estadounidenses puedan visitar a sus familiares en la isla una vez al año, en vez de cada tres años como hasta ahora. Además flexibiliza los reglamentos que regulan las exportaciones de medicinas y alimentos en Cuba.
El Departamento del Tesoro apaciguó los temores de los detractores de la iniciativa sobre Cuba en una carta en la que precisó que ese país tendrá que seguir pagando con dinero en efectivo y por adelantado para recibir las exportaciones, o financiar esa compra con crédito a través de bancos en terceros países.
La ley también pone fin al programa piloto entre Estados Unidos y México que permite la libre circulación de los camiones mexicanos por todo el territorio estadounidense.
La legislación incluye ayudas a favor de la iniciativa antinarcóticos para los países andinos y mantiene la veda a la importación de pollos de China.