El ex obispo Lugo fue despedido en el aeropuerto José Martí a primera hora de este viernes por el ministro cubano de Relaciones Exteriores, Bruno Rodríguez.
Los medios cubanos, todos estatales, califican de "fructífera" la primera visita a la isla del mandatario paraguayo, aunque no se han detallado resultados concretos.
Lugo es el décimo gobernante latinoamericano que visita Cuba en lo que va de 2009.
Le precedieron el panameño Martín Torrijos, el ecuatoriano Rafael Correa, la argentina Cristina Fernández, la chilena Michelle Bachelet, el guatemalteco Álvaro Colom, el dominicano Leonel Fernández, el hondureño Manuel Zelaya, el venezolano Hugo Chávez y el nicaragüense Daniel Ortega.
Chávez y Ortega ya han estado en La Habana este año dos veces cada uno.
Torrijos, Correa y Colom fueron los únicos que regresaron a sus patrias sin haberse reunido con el ex presidente Fidel Castro, que no aparece en público desde julio de 2006 por una enfermedad intestinal.
Hasta ahora no se ha dicho si Lugo se reunió o no con Fidel Castro, ni se ha dado información sobre las actividades del visitante el jueves.
Sobre la entrevista con Raúl Castro, los medios cubanos indicaron que ambos "expresaron su satisfacción por el buen estado de las relaciones bilaterales y ratificaron la voluntad de continuar fortaleciéndolas".
El general Castro agradeció que al Gobierno de Lugo por estar junto al de Cuba "en la defensa de sus derechos en los principales foros internacionales".
"Lugo, por su parte, reiteró la importancia de la unidad y la solidaridad para América Latina y el Caribe, de las que Cuba constituye un ejemplo, que en su país se materializa en los importantes campos de la educación y la salud", detalló la Agencia de Información Nacional (AIN).
El mandatario paraguayo estuvo acompañado en la visita al Palacio de la Revolución por sus ministros de Exteriores, Héctor Lacognata, y Salud y Bienestar Social, Esperanza Martínez, entre otros miembros de su comitiva.
Con Raúl Castro estaban el primer vicepresidente, José Ramón Machado Ventura, y los ministros de Exteriores, Salud y Cultura, Bruno Rodríguez, José Ramón Balaguer y Abel Prieto, respectivamente.
Lugo llegó a la isla a última hora del martes, tras haber asistido en El Salvador a la investidura del nuevo presidente, Mauricio Funes, y a la inauguración en Honduras de la Asamblea de la OEA que derogó la suspensión de Cuba que regía desde 1962.
El miércoles, el jefe de Estado paraguayo comenzó su jornada con una ofrenda floral ante el monumento al prócer independentista cubano José Martí en la Plaza de la Revolución.
A continuación, visitó la Escuela Latinoamericana de Medicina, donde se reunió con unos 800 jóvenes de su país que estudian en ese centro, a quienes exhortó "a ejercer una medicina cercana a los intereses de los más pobres".
En declaraciones a medios cubanos -la prensa extranjera fue excluida de la mayor parte de sus actividades-, Lugo reiteró la condena al embargo comercial y financiero que Estados Unidos aplica a la isla desde 1962.
"Todo lo que hagamos en favor de Cuba es insuficiente", dijo.
Cuba y Paraguay restablecieron relaciones diplomáticas en 1999, tras una suspensión de casi 40 años.