Los estudiantes gritaron proclamas como "muerte a América y a los judíos" en el recinto de la universidad, según contaron a Efe testigos presenciales.
La demanda de los manifestantes es que los responsables de la quema del Corán, dos pastores evangélicos de una comunidad de Florida, sean llevados a la justicia.
"Esta es una acción inhumana y despreciable contra todos los musulmanes del mundo. Vamos a seguir protestando a menos que se enjuicie a los predicadores", dijo a Efe uno de los estudiantes, Naser Tayeb.
Más de 20 personas, entre ellas siete trabajadores de la ONU, han muerto hasta ahora en las protestas registradas en Afganistán por la quema del libro sagrado musulmán.
El Gobierno de Afganistán ha enviado sendas delegaciones al norte y sur del país para investigar las causas de las protestas y ha ordenado la apertura de una investigación.