Otros cinco inculpados fueron absueltos en el fallo de primera instancia, dictado por el juez Madrid, que además determinó en la parte civil el pago de millonarias indemnizaciones a los querellantes en la causa.
Berríos, a quien se atribuye la fabricación del gas sarín que la dictadura chilena usó para eliminar a disidentes, fue sacado clandestinamente de Chile en 1991 y unos años después su cadáver, con disparos en el cráneo y atado de pies y manos, fue encontrado en una playa de Uruguay.
La condena más elevada fue para el ex mayor del Ejército chileno Arturo Silva Valdés, quien recibió 10 años y un día de prisión por secuestro con homicidio, más 3 años y un día por asociación ilícita.
El ex mayor del Ejército Jaime Torres Gacitúa, el ex oficial Manuel Provis Carrasco y el general retirado Hernán Ramírez Rurange (ex jefe de inteligencia del Ejército) fueron condenados a ocho años de cárcel por los delitos de secuestro y asociación ilícita.
En tanto, Raúl Lillo Gutiérrez, ex empleado civil del Ejército recibió una condena de cinco años y un día por el delito de secuestro y cien días más por asociación ilícita, mientras que Fernando Torres Silva, general y ex auditor del Ejército, fue condenado a tres años de cárcel.
En cuanto a los tres militares uruguayos procesados en la causa, el coronel retirado Tomás Casella fue condenado a cinco años y un día por su participación en el secuestro y a tres años y un día por asociación ilícita.
El coronel en servicio Eduardo Radaelli recibió una pena de cinco años y un día de presidio por secuestro y 61 días por asociación ilícita, mientras que el también coronel en activo Wellington Sarli fue condenado a tres años y un día de prisión, aunque el juez le concedió el beneficio de la libertad vigilada.
El general retirado Eugenio Covarrubias Valenzuela y los ex oficiales Pablo Rodríguez Márquez, Manuel Pérez Santillán, Marcelo Sandoval y Nelson Román fueron condenados por su participación en el secuestro y a todos se les concedió la libertad vigilada.
Los ex militares absueltos por el juez Madrid fueron Enrique Ibarra, Mario Cisternas, Nelson Hernández Franco, Erika Silva Morales y Emilio Rojas.
Eugenio Berríos fue sacado clandestinamente de Chile el 26 de octubre de 1991, bajo el nombre falso de Tulio Orellana, para impedir que declarara en el juicio por el homicidio del ex canciller Orlando Letelier.
El agente fue visto por última vez en 1992, cuando se presentó en una comisaría de Uruguay para denunciar que estaba secuestrado, pero fue entregado a unos militares y no se supo más de él, hasta que en abril de 1995 fue encontrado su cadáver en una playa de ese país, atado y con disparos en el cráneo.
En el aspecto civil, la sentencia dictaminó que cada uno de los catorce condenados debe pagar diez millones de pesos (unos 20.000 dólares) a Fabiola Latelier del Solar, querellante en la causa y hermana del ex canciller Orlando Letelier.
También se estableció que el Fisco la indemnice con 100 millones de pesos (unos dos millones de dólares) por el daño moral.
El fallo estableció también que Gladys Schmeisser, viuda de Eugenio Berríos, sea indemnizada con 100 millones de pesos (unos dos millones de dólares) por los condenados y 200 millones de pesos (unos cuatro millones de dólares) por el Estado chileno.
El querellante Gonzalo Berríos, hermano del agente asesinado, debe recibir veinte millones de pesos (unos 40.000 dólares) del fisco chileno.
De acuerdo con la sentencia, el juez Madrid estableció que el secuestro con homicidio de Berríos se desarrolló mediante una operación llevada a cabo entre los años 1991 a 1993 por personal militar "en servicio activo de los Ejércitos de Chile y Uruguay durante un período de plena vigencia del orden constitucional".
Los uniformados chilenos "apartándose de las funciones propias de sus cargos", formaron una organización paralela a la estructura regular de su ejército con conexiones extranjeras "para dar refugio y sustraer de la acción de la justicia" en países vecinos a militares procesados por diferentes delitos.