El centro docente se integrará en la red de centros de titularidad del Estado español en el exterior y tendrá, transitoriamente, dos sedes. Así, la Educación Infantil y Primaria estará ubicada en las instalaciones actuales de la Escuela Española de Escaldes-Endorgany, aportadas y financiadas, de acuerdo con el artículo 6.1 del Convenio, por el Principado de Andorra en su mayoría, con una pequeña aportación del Ministerio para sus gastos de funcionamiento.
Mientras, la Educación Secundaria se ubicará en las instalaciones del actual Instituto Español de Andorra en La Margineda, propiedad del Estado español en terrenos cedidos por Andorra.
Los centros que han pasado a integrarse en el 'Colegio Español María Moliner' son la Escuela Española de Andorra; la Escuela Española de la Vall d'Orient; la Escuela Española de Escaldes; la Escuela Española de Sant Julià de Lòria; y el Instituto Español de Andorra.
El Convenio Hispano-Andorrano en materia educativa se encuentra en vigor desde su publicación en el Boletín Oficial del Estado el 29 de octubre de 2007. Se considera de interés mutuo para ambos Estados disponer de los medios necesarios para garantizar los niveles de calidad de la enseñanza que la sociedad requiere, y mantener en Andorra una enseñanza española de calidad impartida por los centros de titularidad del Estado español, que contribuyen, desde su creación, a realizar una finalidad de utilidad pública en ese país.
A fin de contribuir a los objetivos anteriores y en aras de la mejora de la calidad de las enseñanzas impartidas en Andorra, la Comisión Mixta prevista en el artículo séptimo del mencionado Convenio ha decidido la concentración de esfuerzos e integración de los actuales cinco centros de titularidad del Estado español en Andorra en un único centro, que comenzará a impartir sus enseñanzas en el curso 2016-2017.