La primera vez que Otegi fue condenado fue en febrero de 1989, cuando la Audiencia Nacional le impuso seis años de cárcel por el secuestro en 1979 del directivo de Michelín Luis Abaitua.
En abril de 2004 el Tribunal Superior de Justicia del País Vasco (TSJPV) le condenó a quince meses de prisión por enaltecimiento del terrorismo, al intervenir en el funeral de la presunta etarra Olaia Kastresana. Sin embargo, el Supremo ordenó repetir el juicio, que se saldó en marzo de 2007 con la absolución de Otegi después de que la Fiscalía retirara la acusación.
En enero de 2006 el Tribunal Supremo revocó una sentencia del TSJPV, que había absuelto a Otegi de un delito de injurias al Rey por llamarle "jefe de los torturadores", pero para condenarle a un año de cárcel. Sin embargo, en marzo de 2011 el Tribunal de Estrasburgo condenó a España a indemnizar con 20.000 euros al dirigente abertzale por haber violado su libertad de expresión.
En enero de 2009 el TSJPV archivó la causa que abrió contra Otegi, el actual lehendakari, Patxi López (PSE), y su antecesor, Juan José Ibarretxe (PNV), por reunirse con la ilegal Batasuna en 2006 y 2007.
Otras dos absoluciones
En marzo de 2010 la Audiencia Nacional impuso dos años de cárcel al exportavoz de Batasuna por participar en un homenaje al etarra José María Sagarduy, aunque el alto tribunal volvió a ordenar la repetición del juicio, que se saldó en julio pasado con una nueva sentencia absolutoria.
En diciembre de 2010 este mismo tribunal absolvió a Otegi y a los también líderes de Batasuna Joseba Álvarez y Joseba Permach por participar en el mitín de Anoeta que se celebró en noviembre de 2004 y en el que ETA presentó su "propuesta democrática" para los años siguientes.
Además, Otegi volverá a sentarse en el banquillo de los acusados de la Audiencia Nacional durante el macrojuicio por el proceso 35/02, en el que se analiza la financiación de la banda terrorista ETA a través de las 'herriko tabernas' de Batasuna. El fiscal solicita para el líder abertzale y los dirigentes Joseba Permach y Rufi Etxeberria penas de 12 años de prisión.