El índice Nikkei ganó al cierre 5,26 puntos hasta las 9.159,98 unidades, mientras el Topix, que agrupa a todos los valores de la primera sección, cayó 0,18 puntos, el 0,02 por ciento, hasta los 803,12 enteros.
El dólar se cotizaba hoy en la banda de los 80 yenes, lo que perjudicaba al sector exportador.
Honda Motor fue uno de los principales afectados al perder un 2,3 por ciento hasta los 2.725 yenes, la mayor caída de la jornada.
"Es difícil maniobrar en uno u otro sentido ya que los mercados japoneses están a punto de reaccionar a la reunión de la Reserva Federal inmediatamente después del día festivo (mañana, miércoles, en Japón)", explicó Yumi Nishimura, de Daiwa Securities, a la agencia local Kyodo.
El Comité de Mercado Abierto de la Reserva Federal podría anunciar mañana una eventual intervención en los mercados, similar a la que realizó al principio de la crisis por importe de dos billones de dólares, y se teme que la medida, más que reactivar la economía, pueda crear nuevas burbujas y provocar mayor inflación.
Los ganadores de hoy en el Nikkei estuvieron liderados por las casas de valores, maquinaria de precisión y el sector de pesca y forestal, mientras la lista de perdedores la encabezaron aseguradoras, hidrocarburos y metales no ferrosos.
La casa de valores Nomura, líder en valor y volumen, ganó el 4,3 por ciento hasta los 414 yenes, y el grupo químico Asahi Kasei, el 2,8 por ciento hasta los 482 yenes.
En la primera sección retrocedieron 973 valores, 512 avanzaron y 164 no registraron variación.
El volumen de negociación fue de 1.551 millones de acciones, por debajo de las 1.697,16 millones de la víspera.