En 2014, agentes de la Guardia Civil le intervinieron varias plantas de cannabis que tenía en su huerto para uso terapéutico. Con ellas abastecía, según sus palabras, a la asociación de la que es fundadora Marías por María, dedicada al consumo de esta droga blanda.
Sin embargo esta no es la primera vez que tiene problemas legales, ya que en 1995 y 2010 fue procesada y absuelta por los mismos motivos.
Asimismo, Fernanda fundó en 1996 la Asociación Ramón Santos de Estudios del Cannabis de Andalucía (ARSECA). Dos años más tarde creó Marías por María y organizó en Córdoba las primeras jornadas en España de encuentro, formación y consumo de marihuana.
Por el momento ya son varias las asociaciones a favor de la legalización del cannabis las que han mostrado su apoyo a Fernanda. Algunas de las mismas ven intereses políticos en el proceso judicial.