Tras el grave accidente sufrido por Edu al finalizar la primera temporada de MIR, esta nueva etapa arranca con su incorporación al trabajo tras un largo periodo de rehabilitación. Pero lo hace en un día muy complicado, ya que el hospital está colapsado por la llegada masiva de heridos en un accidente de tren y un brote de aspergillus.
No lo tiene mucho mejor Lea, la nueva residente de Intensivos, que tiene que dar sus primeros pasos como médico en medio del caos. Pero la vida en el Universitario no es fácil para nadie: Gloria tendrá que luchar para conservar su plaza, Carmen sufrirá en sus carnes las iras del hijo de un paciente, Cristina será examinada exhaustivamente para valorar su capacidad como madre adoptiva, y Mateo luchará por salvarle la vida a un niño burbuja y tendrá un encuentro inesperado con Pilar que podría cambiar para siempre su vida en el hospital.