“El Gobierno tiene toda la confianza en el ministro Planas”, ha asegurado la ministra en la rueda de prensa posterior al Consejo de Ministros. Ha afirmado que el ministro “ha trabajado siempre en el servicio público y tenemos toda la confianza, plena confianza, en el ministro Luis Planas”.
Planas fue procesado en mayo de 2017 junto a otras 17 personas y siete entidades. Según el auto de mayo de 2017, a Planas se le atribuye, junto a dos exresponsables de la Consejería de Agricultura de la Junta (María Isabel Salinas García, exsecretaria general de Agricultura, Ganadería y Desarrollo Rural, y Judit Anda Ugarte, exdirectora general de la Producción Agraria), "haber consentido durante el periodo 2009 a 2012 el uso del agua de las parcelas del paraje Matalagrana, de las que es titular dicha Consejería, con conocimiento de la falta de regularización de los pozos y de la falta de autorización tanto del Ayuntamiento de Almonte como de los agricultores como cesionarios para utilizar el agua de los pozos construidos dentro del plan Almonte-Marismas".
Se le considera responsable junto a Salinas y Anda "de no iniciar trámites de regularización de las explotaciones y de permitir el uso continuado de estos recursos hídricos con conocimiento de la afectación del acuífero 27 y el deterioro subsiguiente del medio natural del Parque de Doñana mediante su reducción injustificada". Sin embargo, la Fiscalía de Medio Ambiente de Huelva ya ha anunciado que no presentará acusación en su contra.