Otegi fue condenado por la Audiencia Nacional a diez años de prisión por pertenecer a ETA en el conocido como 'caso Bateragune', proyecto destinado a la reconstrucción de la ilegalizada Batasuna. El Supremo redujo la pena a seis años y medio de cárcel. y la condena está pendiente de recurso ante el Tribunal Constitucional.