Año 1962. Octubre. La CIA descubre la instalación de varias lanzaderas de misiles rusos en Cuba. Inmediatamente, Kennedy contacta con el gobierno de Kruchev, con quien se había entrevistado dos años antes, para obtener información sobre esta acción bélica inesperada. El presidente ruso niega en absoluto que esos misiles existan pero tras la constatación de los hechos a través de imágenes tomadas por vía aérea, la Junta de Jefes de Estado Mayor plantea tres opciones posibles: el bombardeo de las lanzaderas, la invasión de Cuba o el bloqueo del país. Kennedy vive el momento más tenso de todo su mandato ya que sus decisiones pueden suponer el inicio de una guerra esperada por muchos en medio del pacto de la no violencia de la Guerra Fría. Ordena la 'cuarentena' de Cuba, algo que pone muy nervioso a Kruchev y después de una alarma general de posicionamientos de submarinos rusos y barcos americanos, la situación pudo resolverse pacíficamente gracias al entendimiento de los dos presidentes y a que Kennedy no tomó acciones militares a pesar de que uno de sus aviones fue derribado en tierras cubanas.
Dos años antes, en 1961, Kennedy también tuvo que resolver un conflicto civil que ha trascendido en la historia. En Oxford, un joven negro llamado James Meredith es asediado e insultado por querer entrar en la universidad como cualquier otro ciudadano. Este 'atrevimiento' provoca el levantamiento general del Estado, animado por el propio Gobernador, Ross Barnet, amigo de los disturbios y absolutamente contrario a que alguien de color acceda a su universidad. Con el 'K.K.K' jaleando en los medios de comunicación, Kennedy se enfrenta al gobernador y al retso de la opinión pública en defensa de los derechos civiles y envía a la guardia nacional para que escolte a Meredith hasta el lugar que le correspondía en la universidad.
En lo personal, tampoco son los mejores años para el presidente. Su mujer, harta de la humillación por las infidelidades, huye a Virginia junto a sus hijos para separarse momentáneamente de él. La crisis de los misiles de Cuba hace que ella vuelva a la Casa Blanca para estar junto a su marido, pase lo que pase.