Yonny Hernández empezó a competir en motocross a los quince años y muy rápidamente se hizo popular en las competiciones nacionales. Fue campeón de Colombia de Motocross 85 en 2003 y 2005 y subcampeón en 2004.
Llegó a España en la temporada 2008 buscando nuevos horizontes en su carrera. En 2009 terminó cuarto en la categoría de Supersport del CEV Buckler y demostró unas cualidades que le acabaron abriendo las puertas del Campeonato del Mundo en 2010 en la categoría de Moto2, convirtiéndose en el primer colombiano en correr en el escenario mundialista.
Continuó su aprendizaje con el Blusens-STX en 2011 y esta temporada ha firmado para conducir una de las CRT del proyecto Avintia Racing, dando así el salto a la categoría de MotoGP.