El 'Txingurri' llegó a la disciplina bilbaína en 2013 procedente del Valencia para sustituir del argentino Marcelo Bielsa. En su primera temporada en el equipo rojiblanco consiguió alcanzar el cuarto lugar en la Liga BBVA, clasificando al cuadro rojiblanco para la Liga de Campeones.
En esta segunda temporada al frente, el Athletic pudo pasar la previa de la 'Champions' ante el Nápoles, pero cayó en la primera fase de la máxima competición continental y ante el Torino en la Europa League. A falta de una jornada, en la liga ocupa la séptima posición y se jugará esta plaza en su encuentro ante el Villarreal, con el Málaga acechando.
Su gran éxito este año ha sido clasificar al equipo para la final de la Copa del Rey, que disputará ante el Barcelona el 30 de mayo en el Camp Nou, después de eliminar a Alcoyano, Celta de Vigo, Málaga y Espanyol.