El Nikkei avanzó 54,35 puntos, un 0,58 por ciento, hasta los 9.344,64 enteros mientras el índice Topix, que agrupa a todos los valores de la primera sección, ganó 6,54 puntos, el 0,74 por ciento, hasta los 886,30 enteros.
Los principales ganadores de la sesión fueron las industrias de metales no ferrosos, las casas de valores y los productores de petróleo y carbón.
Por su parte, las empresas textiles y de papel, así como las aseguradoras acumularon las mayores pérdidas.
El Gobierno nipón anunció hoy que el Producto Interior Bruto (PIB) de Japón se contrajo un 15,2 por ciento entre enero y marzo de este año, frente al mismo período del año anterior, su mayor caída desde el final de la II Guerra Mundial.
Sin embargo, ese dato no consiguió asustar a los inversores pues, la caída, aunque dura, fue menor de lo esperado.
"Los inversores se mostraron más confiados a la hora de comprar al pensar que lo peor ha pasado", dijo Masumi Yamamoto, analista de Daiwa Securities.
El aumento del precio del petróleo hasta su mayor nivel en seis meses se vio reflejado en los resultados de las casas de valores y algunos productores de acero, cuyo valor en Bolsa se disparó.
La casa de valores Mitsui subió cerca de un 6 por ciento hasta los 1.176 yenes y la siderúrgica JFE Holdings lo hizo en un 4 por ciento, hasta los 2.895 yenes.
Entre los ganadores de la jornada se situó también el tercer fabricante de vehículos de Japón, Nissan Motor, que sumó un 5 por ciento, hasta los 549 yenes por acción.
A pesar de cerrar al alza, las ganancias en el parqué tokiota se vieron limitadas por la caza de gangas y un dólar debilitado frente al yen, que angustió a los exportadores al final de la sesión.
Mitsubishi UFJ, líder en valor, subió un ligero 0,5 por ciento hasta situarse en los 619 yenes, mientras que Mizuho, líder en volumen, registró un avance del 1 por ciento hasta los 229 yenes.
En la Primera Sección, 1.155 valores avanzaron, 397 retrocedieron y 148 permanecieron sin cambios.
El volumen de negocio fue de 2.067,98 millones de acciones, frente a los 2.321,35 millones de la jornada de ayer.