El índice Nikkei cedió 47,73 puntos, hasta 9.154,72 enteros, mientras el Topix, que agrupa a todos los valores de la primera sección, cayó 7,61 puntos, el 0,93 por ciento, hasta 803,30 unidades.
La mayoría de los 33 sectores perdieron hoy, sobre todo transporte aéreo, casas de valores y maquinaria de transporte, mientras avanzaron aseguradoras e hidrocarburos.
Al inicio de la jornada, el Nikkei comenzó con buen pie debido a una depreciación del yen frente al euro y el dólar, pero poco después la moneda nipona volvió a subir.
El dólar se cotizó al inicio de la jornada en la banda baja de los 81 yenes, pero caía a la banda de los 80 yenes al cierre del parqué.
Fumiyuki Nakanishi, de SMBC Friend Securities, dijo a la agencia local Kyodo que "prevalece un fuerte sentimiento de cautela en el mercado" frente a una "serie de eventos".
El principal es la reunión de dos días, que comienza mañana, del Comité de Mercado Abierto de la Reserva Federal para evaluar una eventual intervención en los mercados, similar a la que realizó al principio de la crisis por importe de dos billones de dólares.
Los expertos temen que, más que reactivar la economía, la medida cree nuevas burbujas y dispare la inflación.
En el Nikkei, las acciones de los exportadores descendieron después de conocerse que las ventas de vehículos en Japón bajaron en octubre un 26,7 por ciento interanual, su peor caída desde 1968.
Toyota cedió un 1,6 por ciento hasta los 2.812 yenes, tras llegar a caer durante la sesión hasta los 2.800 yenes, su peor registro en lo que va del año.
Su rival Honda Motor, líder en valor de la jornada, bajó un 5 por ciento hasta los 2.789 yenes.
En la primera sección retrocedieron 1.042 valores, avanzaron 479 y 131 terminaron sin variación.
Las acciones de los principales bancos siguieron la tendencia negativa. El grupo Mitsubishi UFJ descendió a su peor nivel del año durante la jornada (364 yenes), aunque después se recuperó levemente hasta perder al cierre un 2 por ciento, hasta 367 yenes.
El líder en volumen, el banco Mizuho, cayó un 0,9 por ciento hasta los 116 yenes.
El volumen de negociación fue de 1.697,16 millones de acciones, por debajo de los 2.151,16 millones del viernes.