El Nikkei ganó 121,19 puntos hasta los 9.347 enteros mientras el índice Topix, que agrupa a todos los valores de la primera sección, avanzó 7,12 puntos, el 0,81 por ciento, hasta las 883 unidades.
Los principales ganadores de la jornada fueron las inmobiliarias, las farmacéuticas, los productores de hierro y acero, así como el sector de la construcción.
Por su parte, las industrias textiles, la minería y las empresas cristaleras y cerámicas acumularon las pérdidas registradas en la sesión.
El productor de acero nipón Kobe Steel subió un 4 por ciento, hasta los 166 yenes, después de conocer que Toyota Motor, primer fabricante de vehículos del mundo, no llevará a cabo más recortes en el actual año fiscal.
También la farmacéutica Shionogi avanzó, en su caso un 6 por ciento, hasta los 1.952 yenes.
Mientras tanto, el productor de fibras y textiles Shikibo perdió un 19 por ciento, después de que los colegios de las provincias de Osaka y Hyogo reabrieran hoy tras una semana sin clases debido a la rápida propagación de la gripe AH1N1.
A pesar del ambiente de preocupación que desató en Japón la prueba atómica norcoreana, el parqué tokiota mantuvo la tendencia alcista con la que abrió la sesión gracias a la depreciación del yen frente al dólar estadounidense y el euro.
"Los riesgos geopolíticos provocaron la recogida de beneficios temporalmente y una presión por las ventas", dijo Hiroichi Nishi, analista de Nikko Cordial Securities a la agencia local Kyodo.
"Pero, tras la carrera por vender, los inversores volvieron a comprar motivados por un yen débil", añadió Nishi.
El dólar estadounidense se intercambió por 95 yenes en el mercado bursátil de Tokio por la tarde, mientras que el euro se mantuvo estable en torno al cambio de 133 yenes.
Mitsubishi UFJ, líder de valor en la sesión, ganó menos de medio punto porcentual hasta los 611 yenes, mientras su rival y líder de volumen hoy, Mizuho, subió un 1 por ciento hasta los 228 yenes.
En la Primera Sección, 1.200 valores avanzaron frente a 370 que retrocedieron y 126 que permanecieron sin cambios.
El volumen de negocio fue de 2.010,70 millones de acciones, frente a los 2.058,34 millones de la jornada del viernes.