En un comunicado, estas organizaciones argumentan que la politización y la falta de independencia surgen porque los miembros de este Consejo serán propuestos por el Gobierno y su Estatuto "debería haber incluido entre los requisitos para ser elegido presidente del Consejo de la Transparencia el no tener ninguna vinculación política", en palabras de la coordinadora de campañas de Access Info Europe, Victoria Anderica.
Según el decreto, el presidente del organismo será propuesto por el Ministerio de Hacienda y Administraciones Públicas, refrendado en comisión en el Congreso por mayoría absoluta y nombrado por el Gobierno por Real Decreto para un plazo de cinco años. El órgano también contará con una Subdirección General de Reclamaciones, otra de Transparencia y Buen Gobierno y una Comisión con funciones asesoras y ejecutivas, que tiene menos peso que el presidente. Según Civio y Access Info Europe, el decreto no exige a esta comisión actuar con independencia.
Los Presupuestos Generales del Estado contemplan una partida de casi 1,9 millones de euros para "evaluación de la transparencia de la actividad pública". De éstos, más de un millón están destinados al pago de los salarios de los funcionarios que trabajen en el Consejo de la Transparencia. El presidente, por su parte, tiene asignado un sueldo de 54.640 euros anuales. Los miembros de la Comisión no recibirán salarios ni tendrán dedicación exclusiva, según recuerdan estas organizaciones en su comunicado.