Además, en 2002, Bush puso en practica la llamada 'Estrategia para la Seguridad del territorio Nacional', consistente en numerosas medidas antiterroristas tales como la reestructuración del Gobierno y la creación del Departamento de Seguridad.
Ante un posible ataque biológico se aprobó una campaña de vacunación voluntaria contra la viruela. En esta línea, Bush promulgó una ley para el desarrollo y el almacenamiento de antídotos.
Tratando de reorganizar a su ejército en el exterior anunció la retirada de entre 60.000 y 70.000 soldados de Europa y Asia. También ordenó al Pentágono que instalara misiles para la defensa contra proyectiles balísticos.
Mejora en los servicios de espionaje
La Comisión que investigó durante tres años los atentados cometidos contra las Torres Gemelas, recomendó tres medidas para reforzar los servicios de espionaje. Entre ellas se encontraba la ampliación de poderes de la CIA, la reorganización de las fuerzas desplegadas en el exterior y la priorización de la lucha contra el terrorismo.
El aumento en el presupuesto militar, que llegó a superar los 355.000 millones de dólares en 2002, hizo posible que estas actuaciones se hicieran efectivas. Además, en 2008 Bush solicitó al Congreso 515.000 millones para el presupuesto de defensa.
Pese a las cifras astronómicas que manejaba el dirigente de Estados Unidos, estas no contemplaban el dinero necesario para la invasión a Afganistán e Irak. Para ambas Bush solicitó 70.000 millones, aunque fue insuficiente y tuvo que pedir más dinero a finales de 2008.
Guantánamo
Por último, el dirigente autorizó la retención de prisioneros sospechosos de terrorismo en la base de Guantánamo (Cuba). Esta prisión, acondicionada para encarcelar a 500 prisioneros fue modificada habilitando celdas al aire libre, en el llamado 'Campamento Rayos-X', mientras se construía el llamado 'Campo Delta', con capacidad para otras 600 personas.
Hasta 2008 pasaron por este lugar cerca de 800 prisioneros procedentes de 42 países. Entre ellos algunos contra los que no se formularon cargos ni se les permitió representación letrada por considerarles 'combatientes enemigos'.
No fue hasta 2003 cuando Bush anunció que juzgaría a estas personas por tribunales militares. Un año después comenzaron a funcionar las juntas militares, encargadas de determinar si eran o no 'combatientes enemigos'. Ese mismo año el Supremo admitía que los detenidos podían apelar ante los tribunales contra su cautiverio indefinido.