El tribunal le ha sentenciado por los cargos de participación en el genocidio y de asesinato como crimen contra la Humanidad, mientras que le ha absuelto de las acusaciones de violación, según ha informado la agencia estatal ruandesa de noticias, RNA.
Munyagishari fue detenido en 2011 por las autoridades de República Democrática del Congo (RDC) y extraditado en julio de 2013 a Ruanda.
El tribunal ha subrayado que el condenado perteneció a la cúpula del derechista Movimiento Republicano Nacional para la Democracia (MRND) y asistió a reuniones en las que se preparó el genocidio, además de comandar al Interahamwe.
El MRND estuvo liderado por Juvénal Habyarimana, quien presidió el país en un sistema de partido único entre 1973 hasta su muerte en 1994, cuando murió tras ser derribado el avión en el que viajaba.
El incidente, en el que falleció Cyprien Ntaryamira, entonces presidente de Burundi, fue el inicio de un genocidio en el que murieron más de 800.000 personas, la mayoría de ellas miembros de la minoría tutsi y hutus moderados.
La masacre se extendió durante cien días ante la retirada del país de la misión de Naciones Unidas (UNAMIR), que retiró del país a la mayoría de efectivos después de que diez 'cascos azules' belgas fueran asesinados el 7 de abril.
Ante la desprotección internacional, las matanzas se cobraron en tres meses la vida de al menos 800.000 personas, en su mayoría asesinados con machetes y otras armas blancas. En este mismo periodo se cometieron entre 250.000 y 500.000 violaciones, según la ONU.
El Interahamwe surgió en 1991 con el respaldo del MRND y estaba integrado fundamentalmente por hutus radicales que participaron en el genocidio.
Tras el genocidio, sus miembros fueron forzados el exilio, principalmente en RDC, a causa de los avances del Frente Patriótico Ruandés (FPR), cuyo brazo militar, encabezado por el actual presidente del país, Paul Kagame, se impuso en las confrontaciones.