En la actualidad, Stanekzai es ministro de Defensa interino debido a que la cámara baja del Parlamento no le dio su confianza para el cargo el año pasado, sin que se haya nombrado a un sustituto desde entonces. Ghani ha designando a Abdulá Jan como su sustituto al frente de la cartera, también de forma interina.
Stanekzai fue ministro de Comunicaciones entre 2002 y 2004, así como asesor de seguridad del expresidente Hamid Karzai. En 2011 resultó herido de gravedad en un atentado en el que murió el entonces presidente del Alto Consejo para la Paz, Berhanuddin Rabbani.