Un portavoz de Temer ha explicado en declaraciones a Globo TV que se mantendrá el sistema de elección del fiscal general como tradicionalmente se hace desde que llegó al poder el Partido del Trabajo (PT).
El fiscal general es elegido directamente por lor miembros del Minisetrio Público Federal mediante una votación interna. Los tres candidatos más votados son remitidos al presidente, quien realiza la elección definitiva. Sin embargo, desde que llegó el PT al poder siempre se ha elegido al candidato más votado.
Sin embargo, Moraes afirmó en una entrevista con el periódico 'Folha de Sao Paulo' que había que cumplir la Constitución, que establece que es el presidente el encargado de realizar la elección. "Mi postura es que debemos cumplir la Constitución", afirmó. Como argumento, planteaba que el poder del Ministerio Público es grande pero no puede ser "absoluto".
El mandato del actual fiscal general, Rodrigo Janot, concluye en septiembre de 2017. Su labor ha sido reconocida por perseguir las tramas corruptas relacionadas con la petrolera estatal, Petrobras, que ha afectado a políticos de todo el espectro político.
La presidenta Dilma Rousseff --suspendida tras un proceso de 'impeachment' político a la espera de una investigación-- ha advertido de que la administración de Temer podría dificultar la investigación de la corrupción que afecte a los afines al nuevo presidente interino.