Estas pérdidas se producen pese a haber alcanzado 20,9 millones de euros en el apartado de ingresos (frente a los 14,5 millones de euros presupuestados), gracias en parte a las subvenciones del sector público (2,5 millones de euros).
Por el contrario, en el capítulo de ventas el museo alcanzó los 6,7 millones de euros (frente a los 7,4 millones presupuestados), mientras que los ingresos ordinarios de las actividades mercantiles (cafetería o merchandising, entre otros) alcanzaron los 3,5 millones de euros (2,8 euros por persona).
En el apartado de visitas, también se ha producido un ligero descenso de más de 1.000 personas respecto al número de visitantes previsto, hasta alcanzar los 944.346.
En el apartado de gastos, el museo tuvo un desvío de más de seis millones de euros respecto a lo presupuestado, hasta los 26,7 millones de euros. La amortización del inmovilizado, sobre todo para la colección permanente, supuso el mayor gasto en esta partida (10 millones de euros).
En cuanto al gasto de personal, se situó en 5,2 millones de euros, destacando que en 2013 se mantuvo la misma media de empleados que en el año anterior: 129 (46 hombres y 83 mujeres).