El macho de dos años fue sacrificado delante de los visitantes del zoológico y su cuerpo lanzado a los leones, según ha publicado el periódico británico The Telegraph.
Marius fue sacrificado con una pistola neumática para evitar que su carne se contaminase.
El zoológico explicó que sacrificó el animal en seguimiento de las normas impuestas por la asociación de zoológicos de la Unión Europea, a fin de evitar la consanguinidad.
La decisión provocó una ola de protestas en la red y abrió el debate sobre las condiciones de los animales en los zoológicos, después de que 20.000 internautas habían firmado una petición para 'Salvar a Marius'.
El vocero del zoológico danés, Tobias Stenbaek Bro, explicó que permitieron a los padres decidir si los niños podían ver el descuartizamiento del animal como una exhibición de conocimiento científico sobre animales.
"Estoy orgulloso porque creo que le dimos a los niños una enorme enseñanza de la anatomía de una jirafa, que no habrían visto en una foto", dijo Stenbaek Bro.
El portavoz argumentó que el zoológico recibió la recomendación de sacrificar la jirafa por la Asociación Europea de Zoológicos y Acuarios (EAZA, por sus siglas en inglés) debido a que en el programa de cría de la organización hay una abundancia de jirafas con genes similares.
El vocero agregó que pertenecer a la EAZA no es obligatorio, aunque la mayor parte de los zoológicos responsables pertenecen a la organización, que trabaja para conservar la biodiversidad.
Stenbaek Bro añadió que el zoológico rechazó ofertas de otros centros similarres e incluso medio millón de euros (680.000 dólares) de un particular que quería comprar al animal.
La organización Animal Rights Sweden (Derechos de los Animales en Suecia) dijo que el caso simplemente puso de relieve lo que hacen los zoológicos regularmente con los animales.
"No es ningún secreto que los animales son asesinados cuando ya no hay espacio o si no tienen genes que son lo suficientemente interesantes", dijo la organización en un comunicado. "La única manera de parar esto es no visitar los zoológicos", agregó.