Esta calificación supone un reconocimiento a su apuesta por España, donde Lilly en 2013 ha invertido en I+D casi el 15 por ciento de su facturación.
Lilly está en el Grupo A del 'Programa Profarma' que reúne a todas las empresas con una actividad investigadora significativa y que cuentan con su propio centro de producción de I+D.
El centro de I+D de Lilly España se creó a la par que el Centro de Investigación en Química Médica que más tarde se completó con el Laboratorio Europeo de Bioquímica y Biología Molecular, convirtiéndose en uno de los más importantes de España.
En lo que se refiere a investigación preclínica y clínica, Lilly se centra en todas las fases del desarrollo de fármacos sonde se evalúan la seguridad y la eficacia de los mismos. De esta forma, en 2013 han llevado a cabo 41 estudios clínicos gracias a la involucración de 330 equipos de investigación repartidos en varios centros sanitarios y con la participación de más de 2.600 pacientes. Además también cuenta con profesionales especialistas en Farmacoepidemiología y en Farmacovigilancia.
Otra de las apuestas de Lilly son los programas especializados como los 'Premios de Investigación' para alumnos de doctorado de Química Orgánica, Farmacéutica y Analítica, que reconocen la excelencia investigadora en el ámbito académico de los estudiantes en estas áreas, y los 'Premios Jóvenes investigadores en Química' que reconocen a aquellos investigadores españoles menores de 40 años.
Además la planta de producción de Lilly en Alcobendas es la única planta global de Lilly de productos Secos fuera del continente americano y la única que suministra este tipo de productos a todo el mundo exceptuando Estados Unidos. Esta planta se caracteriza por su innovación además de apostar por la calidad, la seguridad y el medio ambiente, y por el apoyo que supone a este negocio el lanzamiento de nuevos productos.